In de 19e eeuw was het standpunt dat aan elke kunstopleiding een eigen museum moest zijn verbonden. Het idee was dat klassieke voorbeelden centraal moesten staan in de opleiding tot kunstenaar. Vóór 1918 had de academie reeds een kleine collectie gipsen ten behoeve van het onderwijs. Na een schenking van een grote collectie gipsen afgietsels van beeldhouwwerk uit de klassieke oudheid en de renaissance door dr. C.W. Scheurleer, was sedert 1920 aan de academie verbonden het Museum van reprodukties van beeldhouwkunst, ook wel genaamd het Gipsmuseum of het Museum voor gipsafgietsels.[10] Deze oorspronkelijke collectie werd met vele bruiklenen en schenkingen uitgebreid. In 1950 werd de collectie gipsen van Rijksmuseum te Amsterdam ontvangen en in 1957 werden de gipsen beelden van het Aartsbisschoppelijk Museum te Utrecht aan het museum toegevoegd. Ook zijn collecties aangekocht, zoals de gipsen collectie van het Museum van kunstnijverheid in Haarlem, de collectie van het Kunstnijverheidsmuseum in Düsseldorf en de collectie Gerber uit Keulen. In 1920 bestond de collectie uit 6000 gipsen objecten, omstreeks 1955 was de collectie gegroeid tot 10000 stukken.

Voor de grote collectie gipsen waren omstreeks 1950 vijf personeelsleden verantwoordelijk: een directrice, een hoofdconservator, een conservator en twee gipsgieters. Het Gipsmuseum telde in 1950 zeven zalen. Een uitgebreide beschrijving uit omstreeks 1955 van de tentoongestelde beelden is aangetroffen in de conceptcatalogus van het Gipsmuseum.[11] De rangschikking van de reproducties in de jaren 1950 was identiek aan die uit eind jaren 1930. Vele gipsen beelden konden niet worden geëxposeerd, deze waren chronologisch ondergebracht in de kelders van het academie-gebouw. Jaarlijks werd het museum door de nodige middelbare scholieren en particulieren bezocht. Ook was het mogelijk om afgietsels van de collectie te bestellen. Zowel scholen als particulieren maakten van deze mogelijkheid dankbaar gebruik.
Het museum speelde ook bij restauratiewerkzaamheden een rol. Bij het herstel van in de oorlog verwoeste kerken werd een beroep gedaan op de gipscollectie. Zo zijn kapitelen afgestaan voor de restauratie van de Laurenskerk te Rotterdam. Uiteindelijk zorgde een urgent ruimte-probleem bij de academie voor de beëindiging van deze collectie. Tweederde van het vloeroppervlak van de beneden-etage van de academie werd ingenomen door de gipscollectie. Ook de opslag van de mallen was zeer problematisch. Een groot deel van de verzameling mallen is in de jaren 1950 verloren gegaan. Vele mallen lagen op vochtige plaatsen en zelfs buiten. Afgietsels van sommige beeldhouwwerken konden niet meer worden vervaardigd.

In 1959 werd in het docenten-korps van de academie het voorstel in stemming gebracht om het beheer over de collectie gipsen te beëindigen. Nagenoeg alle 50 docenten betoonden instemming met het voorstel, er waren slechts vier tegenstemmers. Vervolgens werd besloten om de gipsen beelden te verdelen over instellingen in Nederland die ze in de eigen collectie konden opnemen. De verdeling van de gipscollectie geschiedde moeizaam. In 1962 bevonden zich nog meer dan 150 gipsen beelden en andere objecten in de kelders van het academie-gebouw. Nog in 1975 ontving het Allard Pierson Museum in Amsterdam enkele gipsen beelden. De laatste restanten van de beroemde gips-collectie zijn evenwel tot op heden bij de Koninklijke Academie te vinden. Duidelijk zichtbaar was dat de grafische afdeling van de academie was gevestigd in een van de voormalige zalen van het Gipsmuseum. Na de ingrijpende verbouwing van het academiegebouw aan de Prinsessegracht 4 zullen de nog bij de academie aanwezige gipsen objecten worden ondergebracht in het aldaar (op)nieuw te openen Gipsmuseum.[12]