Isaac Maarsen werd op 27 februari 1892 in Amsterdam geboren. Hij studeerde klassieke talen aan de gemeente-universiteit van Amsterdam en tegelijkertijd aan het Joods seminarium in de hoofdstad. Al spoedig ontpopte Maarsen zich als een buitengewone wetenschapper die vele studies op zijn naam kreeg. Ook bleek hij een goede kanselredenaar. In de periode dat Maarsen in Den Haag woonachtig was, onderhield hij contacten met joodse collega's tot ver buiten Nederland. Hij voerde correspondentie in het Hebreeuws met zowel wetenschappers in Polen en Duitsland, als in de Verenigde Staten, Engeland en Zuid-Afrika.
In Amsterdam was Maarsen zes jaren als rabbijn werkzaam, totdat hij op 14 mei 1925 (op 33-jarige leeftijd) tot opperrabbijn van Den Haag werd benoemd en op 26 oktober 1925 in Den Haag werd geïnstalleerd. Den Haag telde bij de komst van Isaac Maarsen ongeveer 390.000 inwoners, waarvan 11.000 joden (2,8%).

Na de aanvang van de Tweede Wereldoorlog werd het pastorale werk de belangrijkste taak van Maarsen. Vele Haagse joden werden gedwongen weggevoerd naar Amsterdam, Westerbork of naar werkkampen in het buitenland. De vertrokken gemeenteleden en hun achtergebleven familieleden behoefden zorg. Deze bijstand nam toe nadat in 1942 steeds vaker overlijdensberichten, vooral uit het beruchte kamp Mauthausen, binnenkwamen.
Isaac Maarsen moest in november 1942 zijn Haagse woonhuis aan het Hofwijckplein 54 verlaten, nadat dit was gevorderd door de Duitsers. Hij verhuisde met zijn vrouw en zijn jongste dochter naar een bovenetage aan het plein. Maarsen schijnt overwogen te hebben om met zijn gezin onder te duiken, maar bleef zich - onder meer onder druk van de Joodse Raad ¿ tot aan zijn deportatie in 1943 inzetten voor zijn joodse gemeenteleden.
Nadat de Duitse bezetter de order had afgekondigd dat op 23 april 1943 Den Haag judenrein moest zijn, hield de opperrabbijn op 20 april 1943 een afscheidspredikatie in de synagoge. De volgende dag werd hij tezamen met zijn echtgenote en dochter via Vught en Westerbork naar Polen gedeporteerd. Drie maanden later zijn zij in Sobibor vermoord.

Het grootste deel van het privé-archief van Isaac Maarsen bleek te berusten bij het N.I.G.-Kerkbestuurslid Izaak Zadoks. Op de dag van de deportatie van Maarsen en zijn familie was hij ondergedoken en wist daardoor de oorlog te overleven. Een deel van het privé-archief van Isaac Maarsen had hij voordien waarschijnlijk al in veiligheid gebracht. Zadoks keerde in 1945 terug in Den Haag, waar hij veel tijd en energie heeft gestoken in de opbouw van de gemeente. In 1978 vestigde hij zich in Israël en nam het archief van Isaac Maarsen mee. Thans bevinden deze archiefdocumenten zich in het Instituut voor de Geschiedenis van Nederlandse Joden (IDJ) in Jeruzalem. Een deel van het privé-archief van Isaac Maarsen bleek evenwel ook naar Moskou te zijn afgevoerd en is in 2003 naar Den Haag teruggekomen.
Uit Moskou is meer dan één strekkende meter archief van de beroemde Haagse opperrabbijn Isaac Maarsen teruggekeerd. Ook van één van zijn voorgangers opperrabbijn Tobias Tal (1847-1898, opperrabijn sinds 1895) zijn archiefdocumenten uit Moskou gekomen.