Behalve het archief van de NIG te 's-Gravenhage werden ook archieven van andere Haagse joodse instellingen in beslag genomen door de Duitse bezetter, zoals de archieven van het Israëlitische Oude Mannen- en Vrouwenhuis en het Israëlitische Weeshuis 'Hulp voor Weezen'. Vele in Europa geroofde archieven kwamen in Berlijn in handen van het zogenaamde Amt VII van de Reichssicherheitshauptamt (RSHA), dat materiaal over politieke opponenten van het Duitse rijk verzamelde. Ook andere Duitse instanties roofden archieven, zoals de Einsatzstab Rosenberg, ten behoeve van het Institut zur Erforschung der Judenfrage en het Referat Internationale Organisationen van Rijkscommissaris Seyss-Inquart.
De zware bombardementen van Berlijn door de geallieerden deed het RSHA in 1944 besluiten de archieven buiten Berlijn op te slaan. De documenten werden verplaatst naar opslagplaatsen in Silezië (thans Zuid-Polen) en Sudetenland (thans Noord-Tsjechië). Het grootste deel van de archieven van de joodse instellingen uit Den Haag kwam in mei 1944 terecht in het Silezische slot Wölfelsdorf (thans Wilkanów).
De archiefdocumenten in Sudetenland zijn na de oorlog terechtgekomen in Tsjechische handen. De archieven in Silezië werden aan het einde van de Tweede Wereldoorlog ontdekt door de Sovjettroepen en in september en oktober 1945 in tientallen wagons als krijgsbuit naar Moskou gevoerd. Zelf noemden de Russen de uit Duitsland meegenomen archieven hun 'trofeeënarchief'.

Een deel van de Nederlandse archieven keerde reeds kort na de Tweede Wereldoorlog terug. Met name worden in de literatuur de inspanningen geroemd van Dirk Graswinckel, rijksarchivaris van de Tweede Afdeling van het Algemeen Rijksarchief en in de periode van oktober 1945 tot maart 1948 aangesteld als liaisonofficier bij het Commissariaat-Generaal tot behartiging van de Nederlandse Economische Belangen in Duitsland. Hij was belast met het terugvinden van door de bezetters weggevoerde archieven en bibliotheken. Dankzij zijn goede samenwerking met het Amerikaanse leger zou Nederland tot in 1950 veel terugkrijgen.
Ook enige archivalia van de NIG keerden reeds in een vroeg stadium uit Tsjechië terug. In 1980 werden deze bestanden aan het materiaal bij het Haags Gemeentearchief toegevoegd. Geen van de toenmalige inventarisatoren had evenwel kunnen bevroeden waar op dat moment nog vele honderden vooroorlogse dossiers van Haagse joodse instellingen lagen.

Het bestaan van de 'oorlogsbuit'-archieven werd voor de eerste maal onthuld in februari 1990 in de Russische krant Ivestiia. De Amerikaanse onderzoekster Patricia Grimsted Kennedy van de universiteit van Harvard vroeg vervolgens in diverse publikaties wereldwijde aandacht voor het Russische 'trofeeënarchief'. Begin 1992 verscheen in het NRC Handelsblad een artikel van dr. Marc Jansen, universitair docent aan de Universiteit van Amsterdam, over zijn vondst in het zogenaamde Osobyi arkhiv (speciaal archief) in Moskou. Deze bijzondere archiefbewaarplaats bleek de opslagplaats voor talrijke archiefbestanden die door het Rode Leger aan het einde van de Tweede Wereldoorlog in beslag waren genomen in Duitsland tijdens hun strijd tegen de Nazi's. Jansen constateerde dat er ook vele Nederlandse archieffondsen naar Moskou waren gevoerd. In samenwerking met het ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschappen en het ministerie van Buitenlandse Zaken trad Erik Ketelaar, de toenmalige Algemeen Rijksarchivaris, in overleg met zijn Russische collega's en startte de besprekingen om de Nederlandse bestanden uit het Osobyi arkhiv terug te krijgen. Ondanks de claims die ook uit vele andere landen als België, Duitsland, Frankrijk en Griekenland binnenkwamen, namen deze onderhandelingen vele jaren in beslag. De op Duitsland veroverde archieven en kunstschatten werden in Rusland beschouwd als bescheiden schadeloosstelling voor het aangedane leed in de Tweede Wereldoorlog. Bovendien was er in Rusland een discussie losgebarsten over de vraag wie het besluit mocht nemen over de teruggave. Zowel de president van de Russische federatie en zijn regering als de Doema wilden de eindbeslissing nemen. Pas in 1999 werd er enige vooruitgang geboekt.

In 2000 kon de Nederlandse Algemeen Rijksarchivaris met bijstand van andere personen het materiaal selecteren. Het Russische staatsbezoek van koningin Beatrix aan de Russische president Vladimir Poetin zou uiteindelijk de overdracht bespoedigen. In juni 2001 ontving de Russische president de Nederlandse vorstin op het Kremlin en zegde toe dat er op korte termijn tientallen archieven terug zouden worden gegeven. De eerst archieven keerden ook daadwerkelijk reeds terug in 2002.
Ook uit Tsjechië kwamen in 2002 archiefbestanden terug. Na de ontdekking van de uit Nederland afkomstige bestanden in de Tsjechische staatsarchieven werd door de Tsjechische regering toegestaan om deze stukken naar Nederland te laten terugkeren. Hieronder bevonden zich enige tientallen dossiers behorend tot het archief van de NIG te 's-Gravenhage.(3)

Maar nog steeds verbleef in Moskou het zogenaamde fonds 1432 (de joodse archieven, de benaming die in het Osobiy arkhiv aan dit fonds is gegeven) met de vele uit Den Haag afkomstige dossiers. Uiteindelijk tekende op 16 december 2002 president Poetin een decreet, waardoor ook de overige archieven van joodse instellingen in 2003 na een afwezigheid van zestig jaren in Den Haag konden terugkeren.
Van de volgende joodse instellingen en personen zijn archivalia teruggekeerd:
- de Nederlands-Israëlitische Gemeente te 's-Gravenhage
- Isaac Maarsen en Tobias Tal, opperrabbijnen van de Nederlands-Israëlitische Gemeente te 's-Gravenhage
- het Synagogaal ressort 's-Gravenhage
- het Nederlandsch Israëlitisch Armbestuur te 's-Gravenhage
- het Israëlitisch Oude Mannen- en Vrouwenhuis te 's-Gravenhage
- de Commissie van Beheer der Israëlitische Godsdienstschool voor betalenden (notulenboek)
- de Commissie van toezicht op het onderwijs
- het Comité voor de Russische vluchtelingen te 's-Gravenhage, en
- het Israëlitisch Weeshuis 'Hulp Voor Weezen' te 's-Gravenhage.

Een eerste selectie van het teruggekeerde fonds 1432 werd bij het Nationaal Archief gemaakt. Hier werd getracht aan te geven van welke Nederlandse instellingen de diverse archiefbestanden afkomstig waren. Al snel bleek het grootste deel van alle in 2003 teruggekeerde archiefbestanden afkomstig te zijn van joodse instellingen uit Den Haag.
De Russische archiefdozen waren aan de buitenkant erg vuil, gelukkig bleken de archiefdocumenten in de dozen wonderwel hun lange verblijf in den vreemde redelijk goed te hebben overleefd. Bij het Haags Gemeentearchief zijn de teruggekeerde archiefdocumenten globaal beschreven. Ies van Creveld adviseerde als Joods historicus bij de beschrijving van de Aramese, Hebreeuwse en Jiddische documenten. De dozen werden geplaatst volgens de Russische fondsnummering. Hierna bleken diverse series te voorschijn te komen. De laatste vier dozen bevatten alle archief van het Israëlitisch Weeshuis 'Hulp voor Weezen' te 's-Gravenhage.

Geconstateerd werd dat met name archiefdocumenten uit de periode 1940-1943 zijn geraadpleegd. Dit zal ongetwijfeld door de Duitse bezetter zijn gedaan. Op een aantal dossiers werden Duitse aantekeningen aangetroffen, zoals 'nicht geordnet' of 'General-Versammlung 1933'.
De notulen van de NIG te 's-Gravenhage uit 1882 werden aangetroffen in een dossier met de aantekening op het omslag 'Roter Frontkämpferbund'. Wees deze omslag op een hergebruik door Russische archivarissen? De internationale correspondentie van Isaac Maarsen lag verspreid door andere dossiers, of schots en scheef door elkaar. De indruk bestaat dat hiervoor van Russische zijde belangstelling is getoond. Het grootste deel van de archieven bleek in al die decennia evenwel niet te zijn aangeroerd.
De 8,5 strekkende meter teruggekeerde bestanden worden als een apart bestand aan de oude inventaris bij het Haags Gemeentearchief toegevoegd, waardoor goed zichtbaar is welke archivalia uit Rusland en Tsjechië zijn teruggekeerd. De Duitse of Russische omslagen zijn niet verwijderd, eveneens zijn de aangetroffen Russische registratieformulieren niet uit de dossiers verwijderd.

Een groot deel van de tot voor kort verloren gewaande documenten beschrijven misschien wel de zwartste bladzijden uit de geschiedenis van Den Haag, met name die van het vreselijke lot dat meer dan tienduizend Haagse Joden heeft getroffen. De namen en de laatste geschiedenis van de in 1943 vermoorde inwoners van het joodse weeshuis in Den Haag kon de onderzoeker I.B. van Creveld tot voor kort slechts op een moeizame wijze reconstrueren. De uit Tsjechië en Moskou teruggekeerde bronnen dragen er mede toe bij dat hun geschiedenis thans tot de laatste dag kan worden geschreven.