Vanaf midden jaren 1980 moesten de scholen voor het Hoger Beroepsonderwijs fuseren tot grote instituten. Voor de HTS werd onderdak gevonden bij de Haagse Hogeschool. De fusie werd met ingang van 1 augustus 1987 een feit.[13] Vanaf dat moment werden er geen lessen bouwkunde meer aan de academie gegeven. Het bestuur van de HTS berust na de fusie bij de Haagse Hogeschool. De School voor Fotografie en Fotonica te Den Haag zocht in deze fusiejaren ook een nieuw onderkomen en vond deze in 1989 bij de Koninklijke Academie.[14] Het onderzoek in 1987 naar de concentratie van het kunstonderwijs in Den Haag gaf de aanzet tot fusiebesprekingen met het Koninklijk Conservatorium. Uiteindelijk resulteerde dit op 14 december 1989 in de oprichting van de Stichting Koninklijke Hogeschool voor Beeldende Kunsten, Muziek en Dans, bestaande uit de Koninklijke Academie van Beeldende Kunsten, het Koninklijk Conservatorium en de School voor Fotografie en Fotonica.[15] Aan deze Stichting heeft de voormalige Vereniging Koninklijke Academie van Beeldende kunsten per 1 januari 1990 het onderwijs, het personeel en de inventaris overgedragen. De uit 1859 daterende Vereniging (Koninklijke) Academie van Beeldende Kunsten beëindigde daarmee zijn bestaan.

De Koninklijke Academie van Beeldende Kunsten is sinds 1990 de faculteit beeldende kunsten van de Hogeschool van Beeldende Kunsten, Muziek en Dans te Den Haag geworden. De directie van de academie is sedert 1 januari 1993 niet langer samengesteld uit hoofden van de verschillende afdelingen zoals tot dan toe gebruikelijk was, maar wordt zij gevormd door een directieteam, dat binnen een bepaalde taakverdeling de directeur bijstaat. De nieuwe organisatiestructuur waarin de Koninklijke Academie van Beeldende Kunsten is opgenomen, wordt toegelicht in bijlage 3 [van de papieren inventaris].