De oudste geschiedenis van de kerkeraad is onbekend. Een eerste vergadering zou in 1626 zijn gehouden, maar decennia hiervoor werden al moeten al vergaderingen met besluitvorming zijn geweest. In 1611 werd een eerste predikant beroepen. In 1615 zijn er voor het eerst kerkdiensten in een aantal als schuilkerk dienende woningen en vanaf 1620 mocht er openlijk gepreekt worden in een eigen kerk aan de huidige Lutherse Burgwal, die vooral betaald was door buitenlandse Lutherse vorsten. De gemeente groeide mede dankzij de aanwezigheid van gezanten van dezelfde vorsten. De huidige, derde kerk, werd in 1761 gebouwd in een tijd dat de gemeente dankzij de aanwezigheid van haar grootste aanhang had.
In 1626 wordt een eerste kerkeraadsvergadering vermeld. Naast de kerkeraad bestond nog een soort Grote Kerkeraad uit mensen die voormalig kerkdienaar waren. Het oudste reglement van de gemeente stamt uit 1730.
Na overlijden van de laatste Hoogduitse predikant ds. Spro in 1832 werden geen Duitstalige diensten meer gehouden. In 1857 vormden de Duitstalige Lutheranen een eigen kerk, de Deutsche Evangelische Gemeinde met een kerk aan het Bleijenburg.